Я всегда наблюдаю за библиотеками для Pytho для работы с PDF и в один прекрасный день я столкнулся с pdfrw. Это похоже на аналог pyPDF, так как позволяет Вам читать и записывать PDFы, объединять их и использовать Reportlab для пометки их водяными знаками, кроме всего прочего. Проект немного мёртв, так как последнее обновление было в 2011 году, но с учётом того, что pyPDF обновлялся в 2010 - это не так уж и плохо. В этой статье мы проведём небольшой тест-драйв pdfrw и посмотрим, на что он годен. Поехали!
Заметка об установке: К сожалению у этой библиотеки нет скрипта setup.py, так что Вам придётся получить исходники с Google Code а затем скопировать папку pdfrw в site-packages или в ваш virtualenv.